به گزارش خبرنگار سلامت نیوز، از آنجا که شیر عناصر لازم را در حدتعادل داراست ، محیط بسیار مناسبی برای فعالیت انواع میکروارگانیسم های عامل فساد اعم از باکتری ها، مخمرها و قارچهاست و بسادگی در معرض انواع آلودگی ها قرار می گیرد. بنابراین کنترل بهداشت در تمامی مراحل از لحظه دوشیدن تا رسیدن به کارخانه و نیز فرآیند تولید امری اجتناب ناپذیر است.

ضدعفونی دام ، ابزار و وسایلی که برای دوشیدن به کار می رود، نظافت و ضدعفونی ظروف و تانکرهایی که برای حمل شیر تا کارخانه استفاده می شود و در نهایت رعایت کلیه موازین بهداشتی تجهیزات و دستگاه های مورد استفاده در کارخانه بسیار ضروری است.

با این حال شیری که حتی تحت شرایط کنترل شده ، دوشیده شود باز هم تعدادی باکتری دارد، زیرا مجاری و حفره های شیری دارای آلودگی هستند. همچنین گرما در گسترش آلودگی شیر موثر است ، بنابراین لازم است علاوه بر رعایت کلیه موارد مذکور از حرارت کمتر از 5درجه سانتی گراد برای حمل شیر تا کارخانه استفاده شود. معمولا شیری که به کارخانه می رسد، تحت چند فرآیند قرار می گیرد که مهمترین آنها به شرح زیر است : پاستوریزاسیون : استفاده از حرارت زیر 100درجه سانتی گراد به منظور نابودی تمامی عوامل بیماریزا که ممکن است وارد شیر شده و از طریق آن به بدن انسان منتقل شود، مثل میکرب سل.
 
 
استریلیزاسیون : هدف نگهداری طولانی مدت شیر با استفاده از حرارت بالاتر از 100درجه سانتی گراد است که در آن علاوه بر کلیه میکرو ارگانیسم ها، اسپورهای حاصل از آنها نیز نابود می شوند.
هموژنیزاسیون : فرآیندی است که بر اثر آن گلبول های بزرگ چربی شیر به ذرات کوچکتر تبدیل می شود و سبب  پراکندگی چربی در تمام
 
شیر می گردد. به طوری که از به هم پیوستن ذرات چربی و جمع شدن آن در سطح شیر جلوگیری می کند. علاوه بر آلودگی های شیر که غالبا تحت فرآیندهای حرارتی دقیق و کنترل شده می تواند مرتفع شود، شیر دارای باقیمانده هورمون ها و آنتی بیوتیک ها نیز هست.
بخصوص در دامداری هایی که بهداشت بدرستی رعایت نمی شود، استفاده از این مواد متداول تر است ، بنابراین لازم است چگونگی مصرف آنها و مساله آلودگی شیر به بقایای دارویی و پیامدهای آن با دید عمیق تری از سوی مسوولان مورد بررسی قرار گیرد. به منظور جلوگیری از ترش شدن و دلمه بستن شیر در حین حرارت که ملاک غیرقابل مصرف بودن شیر از نظر ظاهری است ، استفاده از جوش شیرین در برخی از دامداری ها نیز متداول است.

شیری که در شرایط نامناسب و غیربهداشتی حمل ونقل می شود بر اثر فعالیت انواع باکتری ها و تولید اسید از سوی آنها که منجر به کاهش PH و در نتیجه افزایش سرعت فساد می گردد، در اثر حرارت ایجاد لخته می کند. کنترل و اندازه گیری PH در دو مرحله قبل و بعد از حرارت ، کمک موثری به تشخیص این نوع تقلب می نماید. همچنین انواع تقلب هایی مانند حذف چربی شیر و افزودن چربیهای دیگر، مخلوط کردن شیر حیوانات مختلف ، افزودن آب ، آب پنیر و نشاسته به شیر و نیز استفاده از محصولات لبنی مرجوعی از فروشگاه ها با تاریخ انقضاء که در برخی از واحدهای تولیدی رایج است نیازمند نظارت و کنترل بیشتر مسوولین ذیربط می باشد.