در نمودار سازمانی جدید این وزارتخانه 5 معاونت، 2 مركز، 5 حوزه قائم مقامی و 10 حوزه مشاوره پیش‌بینی شده است.

همچنین براساس قانون مدیریت خدمات كشوری، 5 معاونت این وزارتخانه شامل معاونت بهداشت، درمان، آموزشی، پژوهش و فناوری و توسعه مدیریت و منابع است.

بنا بر این گزارش، در نمودار سازمانی جدید، معاونت سلامت به دو معاونت بهداشت با 3 مركز مدیریت شبكه، مدیریت بیماریها، سلامت محیط و كار، یك دفتر با عنوان سلامت جمعیت، خانواده و مدارس و یك حوزه مشاوره در امور بهداشت روان و اعتیاد و معاونت درمان با مركز مدیریت حوادث و فوریتهای پزشكی و 3 دفتر ارزیابی فناوری و تدوین استاندارد و تعرفه سلامت، مدیریت بیمارستانی و تعالی خدمات بالینی، نظارت و اعتباربخشی امور درمان تبدیل شده است.

همچنین در نمودار سازمانی جدید 10 حوزه مشاوره شامل: امور هیات امناء، امور بخش خصوصی، امور حقوقی، امور آموزش مداوم جامعه پزشكی و آموزش عمومی و ارتقاء تعیین كننده‌های سلامت، امور دندانپزشكی و بهداشت دهان و دندان، امور فناوری اطلاعات، امور اخلاق، آداب و میراث پزشكی، امور شاهد و ایثارگران، امور پرستاری و امور كارآفرینی می‌شود.

حوزه‌های امور سیاستگذاری، امور مجلس، امور گسترش شبكه ملی سلامت، امور تجهیزات پزشكی و امور همكاری‌های بین‌المللی در سطح قائم مقامی دیده شده است.

شایان ذكر است، براساس این ابلاغیه مركز توسعه غذا و دارو، مركز امور دانشجویی و فرهنگی، دفتر ارزیابی عملكرد و پاسخگویی به شكایات، دفتر وزارتی و روابط عمومی، دفتر مركزی حراست و دبیرخانه هیات مركزی گزینش به صورت مستقیم زیرنظر وزیر انجام وظیفه می‌كنند.

در نمودار سازمانی جدید، همچون گذشته دانشگاه‌های علوم پزشكی و خدمات بهداشتی درمانی، دانشگاه بهزیستی و توانبخشی، انستیتو پاستور ایران، آزمایشگاه مرجع سلامت، صندوق رفاه دانشجویان، شركت سهامی دارویی و تجهیزات پزشكی و شركت پژوهش و پالایش خون، به عنوان زیر مجموعه‌های این وزارتخانه تعیین شده‌اند.