به گفته "الیاس زرهونی" مدیر موسسات ملی بهداشت آمریکا، این اطلاعات به دانشمندان کمک می کند تا به  چگونگی روند نمو و انتشار ویروس های آنفلوانزا دست یابند. همچنین با استفاده از این طرح امکان تولید واکسن های جدید برای مقابله با بیماری و دستیابی به شیوه های درمانی و نحوه های تشخیصی تازه برای آن فراهم می شود.

به نوشته "مدیکال نیوز تودی"، دانشمندان سراسر دنیا با تکیه بر این اطلاعات می توانند انواع مختلف این ویروس ها را با هم مقایسه کرده و عوامل ژنتیکی مرتبط با آن را شناسایی کنند تا به شیوه های جدید درمانی دست یابند. اجرای طرح توالی ژنی آنفلوانزا از سال 2004 آغاز شد.